Tổ chức bộ máy của Viện Kiểm Nghiệm Thuốc Thành Phố Hồ Chí Minh gồm 6 phòng chức năng; 9 khoa chuyên môn và trung tâm đánh giá tương đương sinh học.
Các phòng chức năng
Phòng Tổ chức Cán bộ; Phòng Kế hoạch Tổng hợp; Phòng Khoa học Đào Tạo; ...
Các khoa chuyên môn
Khoa Kiểm nghiệm Nguyên liệu; Khoa Mỹ phẩm; Khoa Dược lý; Khoa Vật lý Đo lường; ...
Trung tâm đánh giá tương đương sinh học
Nghiên cứu lâm sàn và đánh giá tương đương sinh học theo tiêu chuẩn quốc tế; ...
Khoa Chất chuẩn chất đối chiếu
Xây dựng ngân hàng chuẩn quốc gia và chuẩn quốc tế; Sản xuất các dung dịch chuẩn độ; ...